Calvyn en die stad Genève het byna sinonieme met mekaar geword. Dit is daar waar Calvyn hom besig gehou het met 'n poging om 'n sigbaarder "Stad van God" in Europa te bou. In die proses was dit die plek waar Calvyn van sy belangrikste teologiese bydraes tot die Reformasie gemaak het, maar ook waar hy van sy donkerste oomblikke beleef het.
Nadat Calvyn in 1538 uit Genève moes vlug as gevolg van sy stryd met die Libertyne, het hy in 1540 'n dringende versoek van die stadsvaders ontvang om terug te keer. Teen sy eie wil, maar oortuig van die feit dat dit God is wat hom terugroep, het Calvyn op 4 September 1541 in Genève aangekom.
Die eerste saak waaraan Calvyn aandag gegee het, was 'n kerkorde. Die kerkorde wat Calvyn opgestel het, Ordonnances Ecclesiastiques, is op 20 November 1541 in die gemeente voorgelees en deur die kerkraad, die gemeente en die burgerlike owerheid aanvaar.
Die basiese vertrekpunt van Calvyn se kerkorde was die soewereiniteit van die kerk in geestelike sake.
Calvyn het vier ampte geïdentifiseer: ouderlinge, diakens, predikante en doktore. Elke gemeente moes 'n kerkraad hê wat verantwoordelik was om die gemeente volgens Bybelse riglyne te regeer en tug toe te pas.
Die kerkorde het dit ook duidelik gestel dat die burgerlike owerheid alles in sy vermoë moes doen om die kerk te ondersteun om haar roeping in die wêreld na te kom. In 1542 het die stadsraad van Genève die wette van die stad so verander dat dit in ooreenstemming was met Calvyn se kerkorde.
Alles was egter nie maanskyn en rose nie. Die jare 1543 tot 1553 was 'n tydperk van geweldige stryd in Genève. Een van die hoofrolspelers was die Spanjaard Michael Servetus.
Servetus het reeds in 1545 met Calvyn kontak gemaak en het gou bekend geword vir sy kritiek teen Calvyn se teologie. Nadat Calvyn 'n kopie van sy Institusie aan Servetus gestuur het, het Servetus dit, met kritiek in die kantlyne geskryf, teruggestuur.
Dit het Calvyn woedend aan Farel laat skryf dat as Servetus dit ooit sou waag om Genève te besoek, "hy hom nie sou toelaat om lewendig te vertrek nie." Hierdie woorde van Calvyn was nie 'n ydele dreigement nie. Nadat Servetus sy boek Christianismi Restitutio – Die herstel van die Christendom in 1553 gepubliseer het, het hy op pad na Italië in Genève aangedoen. Hy is gearresteer, is as ketter verhoor en het op 27 Oktober 1553 op die brandstapel gesterf.
Geskryf deur Prof Johan van der Merwe (Kerkgeskiedenis-professor aan die Universiteit van Pretoria vir e-Kerkbode).